1、针对人群不同：
新型农村合作医疗，必须是农村户口才能参加新农合。针对的人群是没有在城镇务工的农民。
城镇职工基本医疗保险，不限户籍，由个人缴费部分和统筹缴费部分构成。主要针对的人群是在职职工和灵活就业人员。
2、缴费方式不同：
新农合一年一交，由个人缴费。
医保通常一月一缴费，有单位由单位承担统筹部分。灵活就业个人要承担部分统筹缴费。
3、报销比例不同：
农合主要针对农民，缴费少，报销额度也低，比例在50%左右。
医保主要针对职工和灵活就业人员，缴费高，待遇也高，报销比例在90%左右。
4、退休年龄不同：
城镇职工医保在到达退休年龄，满足当地医保退休年限要求后，可以医保退休，终生免费享受医保待遇。
新农合没有退休政策，终生缴费。
5、适用范围不同：
新农合在三甲医院都可以用，但是医保在地方一级二级医院一般不能使用。
