种子发芽率是由种子的胚所具有的活力以及贮存有足够的胚乳所决定的。高活力的胚加上足够的胚乳营养作保证，则种子的发芽率高；反之则低。实施种子工程，完善优良品种的繁育、引进、加工、销售、推广体系，是解决种子质量不高、发芽率下降的基本保证。接下来我们来谈谈如何提高水稻种子的发芽率。
2、选种：即浸种前在水中选瘪粒。用清水选种，只能选出空秕子，没有成熟好的半成粒就选不出来。所以选种时，水的比重应达到1.13（25公斤水中，溶化6公斤盐的比重在1.13左右），在此盐水中选种就可以把成熟差的稻粒全选出来。但特别提醒是盐水选种后一定要用清水洗两次，不然种子就不能出芽。
4、消毒：为了杀死附在种子表面和颖壳与种皮之间的病原菌，用浸种消毒的办法，是防治病虫害经济有效的措施。因此，可以根据病菌和害虫选择消毒剂消毒。
二、控制穗肥用量
1、增施多施穗肥，有利于提高千粒重，使籽粒饱满，发芽率高。但是，对于易开裂脱壳的品种应适当控制穗肥用量，以防谷壳开裂，在脱粒、翻晒、精选加工过程中脱壳成糙米。
四、适时收获、晒干。
1、一般水稻种子收获应掌握在黄熟期的后期。此时植株叶片大部分转黄色，仅上部还保持绿色，籽粒呈现品种固有的颜色，种子的内含物像蜡一样，稃壳呈现原品种固有颜色，此时水稻的干物质积累达到最大限度。水分最低。同时，要注意收听当地天气预报，遇不良气候要抢晴收割，并及时晒干。
