1、序章：一个神秘的豆子国人一开始可以看到一个奇诺比奥家庭在欢乐的生活，可是，绿色的奇诺比奥却突然变大滚下来……原来是蘑菇王国最近爆发了一种恐怖的疾病Blorbs，碧奇公主已经召开紧急会议了。马里奥和路易基也赶到了碧奇城堡的门口，快进去开会吧！十字键控制方向移动，AB键分别是马里奥和路易基跳跃。这里有一些问号箱不要错过，一旦错过就再也拿不着了。马里奥兄弟赶到后，会议就此召开（路易基竟然开始睡觉）。星星国也派来了一个使者starlow，她听说是一个神秘的豆子国人制造了这场疾病没想到此时库巴竟然来访，还打碎了桌子，马里奥快去打败他！
3、菜单介绍 游戏一开始，会有菜单，不过此时菜单不完全，到后期总共有6个选项，从上到下从左至右分别是： 道具：捡到或者买到的道具 装备：马里奥兄弟们身上的装备 人物状况：人物等级、经验值、HP等等 组合技：马里奥与路易组合技 技能：学会的技能，如游戏开始时候学会使用的绿龟壳以及后来对锤子的强化等技能。 地图：查看地图，另外可以使用快捷键select查看，地图上屏为库巴所在世界，下图为马里奥兄弟所在的地方。
5、马里奥兄弟： 红色向上箭头：普通攻击 绿色龟壳：龟壳攻击(游戏初期学习到) 锤子：使用锤子攻击，主要针对带刺的敌人，随即造成敌人眩晕。(游戏初期会捡到锤子) 红绿两个半圆：马里奥兄弟合作，战斗画面右下会出现一个槽，满了后点击，恢复HP(中期获得) 蘑菇：使用道具，补充HP\SP等等 小人：在战斗中逃跑
