1、第一，浸浴法
将亚甲基蓝配制成浓度为10mg/L溶液，将鱼类等放入其中浸浴10~20分钟，可以防止水霉病。
2、第二，泼洒法
向池中直接泼洒，使池水中药物浓度达到2~3mg/L，隔一天再使用一次，连续使用两次，可以治疗各种海淡水的水霉病和河蟹的链壶菌病。
3、第三，与呋喃哒嗪合用
使池水中呋喃哒嗪和亚甲基蓝的浓度分别达到5mg/L和1mg/L，对治疗鲤鱼水霉病有较好的效果。
4、第四，与食盐合用
将亚甲基蓝和食盐混合使用，使它们的浓度分别为2mg/L和10mg/L，对倒刺鲃的水霉病有较好的治疗作用。
5、第五，口服或冲洗炎症部位
亚甲基蓝具有一定的杀菌消毒效果，口服亚甲蓝或用其溶液冲洗可以治疗膀胱炎和尿道炎。另外，亚甲蓝在进入人体30分钟（注射）至几小时（口服）内会从尿中排出，导致尿液暂时呈蓝色，因此也会被用来作肾功能测定。
6、第六，注意事项
亚甲基蓝具有一定的毒性。静脉注射亚甲基蓝溶液，剂量大于500mg时，可引起恶心、腹痛、心前区痛、眩晕、头痛、出汗和神志不清等不良反应。另外，它对水质会有一定的影响，危害环境，所以尽量不要使用或者少量使用。
