1、总公司按合并报表的方式，以其净资产（亏损额）与总公司账面的拨款相抵并确认亏损。
2、同时应将应承接的债权、债务一并并入总公司账内。在确认亏损时涉及总、分公司的所得税问题，应多与税务联系（特别是总公司）。
3、如果分公司是亏损的，在最后结账是亏损也是要转到总公司的。
4、分公司注销与总公司的往来的账务处理：
比如货币资金是10万，其他应收款是10万，其他应付款是40万，未分配利润是-20万
分公司在最后处理时，首先要抵销总公司往来
借：其他应付款10
贷：其他应收款10
然后把账目结平
借：其他应付款30
贷：未分配利润20
贷：货币资金10
对应的总公司账面应该存在对分公司的其他应收款40万和其他应付款10万。往来抵销不写了，与分公司类似
最后一项
借：货币资金10
未分配利润20（这是从分公司转入的亏损）
贷：其他应收款30
