1、水肥一体化看似简单的，预期收效却很诱人，管理得好的能增产30%-80%，但水肥一体化是项综合性的技术，涉及到农田灌溉、作物栽培等多方面，想要运用好还真不容易。
2、从肥料的作用来说：底肥考虑的作物整个生长周期的营养需求，选择的都是迟效性的肥料，跟水肥一体化技术的迅速补肥存在本质上的差异。
3、从技术上来说：由于采用喷灌、滴灌，为了避免喷头堵塞，首先对水的质量就有要求，溶在水里的肥料也就必须得是易溶于水的品种（尿素、氯化钾、硫酸钾、硝酸钾、硫酸镁、磷酸二铵、硝酸钙等等），一般不用颗粒状复合肥，腐殖酸液肥都要过滤后才能使用，而底肥一般来说恰恰是有机肥、复合肥。
