1、品种不同。花椒属于芸香目芸香科下的花椒属植物，其果实呈圆形，绿豆大小，全株可做入药，可食用。胡椒属胡椒目，胡椒科、胡椒属木质攀援藤本，果实为圆形的浆果，可食部仅仅为浆果。
3、成分不同。花椒的主要调味成分是其含有的挥发性的烯类物质，包括柠檬烯、香桧烯、月桂烯、紫苏烯等。胡椒的主要增香调味成分是其含有的植物碱和胺类成分，包括胡椒碱，胡椒酰胺，次胡椒酰胺，胡椒亭碱，胡椒油碱B，几内亚胡椒酰胺，假荜茇酰胺A等。
5、分类不同。花椒主要可分为：大花椒、小花椒、豆椒和青椒。胡椒主要可分为：白胡椒和黑胡椒。
