1、溃疡、出血：病变增大、增多后，可引起局部的异物和不适感。由于发病的部位多在包皮内、尿道回、阴唇、阴道内、肛周等，这些部位容易受微生物感染，导致病变部位的溃疡、化脓、出血、疼痛和肿胀。
2、癌变：恶性肿瘤是湿疣最严重的并发症。hpv16、18型感染后，如果治疗不及时，在将来很可能导致阴茎癌，宫颈癌等恶性肿瘤，早期彻底治疗是预防湿疣癌变的最有效方法。癌变也是湿疣危害非常严重的一点。
3、传染婴儿、影响生育质量：患育生殖道疣的孕妇，在分娩时，通过产道的婴儿可能被传染，引起婴幼儿的咬吸道疣。
4、非生殖器部位的乳头状瘤：通过直接接触或被污染的物品的间接接触，湿疣危害可以导致眼结膜的乳头状瘤和口腔粘膜的乳头状瘤。
