1、游戏开始，世界上很多人都因为不明的原因沉睡不起，包括主角和关东地区前任冠军，博士决定对主角使用一个装置让他醒来，让主角来到刚到芳缘地区的第一天。
2、随后来到这个画面，走到红色入口前进入，其它两个都进不去主角和妈妈来到芳缘地区的第一天老样子，到了新家上楼调时间
3、然后前往博士的家，上二楼和他儿子劲敌对话在前往101道路，遇到博士被野生的蛇纹熊追着，上前打开他的包，从圆企鹅、小火猴和嫩苗龟中选一个
4、打赢野生的蛇纹熊，表示感谢，小田卷博士会把圆企鹅送给你，让你去101道路沿着101道路来到古辰镇，继续往前走，穿过103号道路来到幻影之森，遇到索罗亚克伪装的的劲敌
5、劲敌上前，告诉主角它是伪装的，被识破的索罗亚克和主角小精灵对战，打赢它，它会自动跟着你走。之后劲敌发起挑战，让你准备好就去103道路接受他的挑战劲敌的PM会根据主角选的小精灵而改变。
6、打赢劲敌后，为表示下次遇到对方不会被小精些谇鹩耐灵的幻影所骗，劲敌给主角半个爱心球，如果不知道对方的真伪，拿出这半个爱心球就可以啦。之后一起回到研究所。小田卷博士交给主角精灵图鉴，拨龛鞠察劲敌送主角精灵球出去后妈妈上前送主角跑鞋
