1、第一，不能直接施在土壤表面；微生物菌剂中的主要成分是微生物，它们正常情况下是存活在土壤当中的，如果在施肥过程中将微生物菌剂直接撒施在土壤表面，那么太阳光中的紫外线会杀死微生物菌剂当中的有效成分，造成肥力消失。
3、第三，不与未腐熟粪肥混用未腐熟的粪肥当中含有病原菌、虫卵，这些物质会影响微生物菌剂发挥作用，另一方面，未腐熟的农家肥在土壤当中会不断释放热量，造成高温环境，这样的环境也对微生物菌剂产生较大的影响，施肥效果大打折扣。
5、第五，不随意存放当微生物菌剂一次使用后还有剩余的时候，大部分农户都是简单存放到仓库，这个时候会造成微生物菌肥的挥发，以及其他杂质进入微生物菌剂当中，污染有效菌群，因此在第二次使用的时候就没有效果了。所以微生物菌剂最好一次使用完毕，如果需要存储的话，应当做好密封措施，避免和空气接触。
