1、打开NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，通过下拉列表的蛋白框，点击进入，输入蛋白序列号，下载你需要制作成发育树的蛋白序列。
2、将下载好的发育树序列复制到一个文本中，如图中整理。
3、下载并打开MAGE7.0软件
4、在上方选择Align—Create a new alignment点击OK，选择蛋白序列。弹出第二窗口将文本文件全选—复制—粘贴进来。
5、点击上方的手臂Align selscted with MUSCLE（就是手臂按钮）
6、点击下拉列表，选择默认的值就可以，直接√，并在窗口左上方点击Data-Phylogenetic Analysis。
7、窗口最小化，回到最原始的界面。编辑菜单中选择Phylogeny-Neighbor-Joining Tree（采用邻接法）。改变选项中的参数为1000，下方点击√。
8、此时软件就做好了系统发育树。
9、如果对字体及字的大小不满意，可以对发育树进行修改。点击页面红色标记的地方，别忘了保存哟！至此发育树就完成了，希望大家都能做出自己满意的系统发育树。
