1、以便秘发生时间来区别。 一般来说，足月出生的健康小儿，大多数会在出生以后48小时内有胎便排出来。如果出生后超过48小时未见排便，就要请专科医师诊治一下，排除小儿巨结肠发生的可能性了。而一般的小儿便秘多发生在2-3岁期间。
3、有否消瘦营养不良发生。 巨结肠小儿由于长期腹胀便秘，食欲下降导致营养物质摄入与吸收不够，慢慢的出现小儿消瘦营养不良现象；而小儿便秘一般不会出现消瘦营养不良的现象，这点区别也蛮重要。
5、是否经常有憋便的情况。 小儿巨结肠的话，平时一般不能看到小儿有憋便情况；因为肠道中粪便不多；而普通小儿便秘的话，就可以经常观察到憋便情况了；大多肠道中有粪便而未排出的缘故。
