ROY则决定对于哌囿亡噱TECHNOMANCER的实验基地进行偷袭，来发掘他们幕后的真正秘密
但是来到秘密基地之前，被关押的囚犯无意告知R晦倘佳鳎OY其实MARCO也另有图谋；而这里的囚犯也被TECHOMANCER进行一种极其可怕的人体实验
后面的战斗仍然很艰苦，玩家可以带上MARY这样的强力法师来不断释放连环闪电；有效的杀伤敌人
之后玩家需要直面TECHOMANCER BOSS，初战不利结果被打下平台；需要直接面对DRILLING WORM
巨虫算是最难对付的BOSS了。两种攻击方式；巨爪攻击和毒液喷射。毒液喷射会造成ROY的持续僵直
对付这个家伙没有太好的办法，多喝药水顽强的抗过去吧
而最后同TECHNOMANCER BOSS的决战则相对简单了许多，虽然这个家伙的输出挺高；但是对于物理防御还是比较低的，玩家可以利用掩体多多躲避然后不断释放射钉枪来慢慢磨死他
之后回到基地，ROY将事情和盘托出；而MARCO则辩解这一切都是为了整个地区的自由
玩家此时可以选择相信或者不相信他。如果杀死他，那么MARCO后续的进一步任务将自动解除并且结束第三章的游戏部分
杀死MARCO之后，玩家将和JUDY一起前往SOURCE进行最终的决战
玩家此时可以选择带上你两位同伴的其中一位开始征途（或者都不带）
