1、生物类型的不同：细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物，真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物，细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物；真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物，也有由多个细胞构成的多细胞型生物。
2、细胞结构不同：细菌没有成形的细胞核，只有拟核；真菌具有，细菌没有染色体，真菌有。
3、增殖方式不同：细菌通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌增殖方式主要有出芽生殖和孢子生殖等方式。
4、细胞大小不同：原核细胞一般较小，直径一般为1纳米-10纳米；真核细胞较大，直径一般为10纳米-100纳米。
