主要区别是，车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同，具体如下：
一、车站地址不同
1、铜仁南站
贵州省铜仁市玉屏侗族自治县大龙镇。
2、铜仁站
贵州省铜仁市碧江区清水大道。
二、车站规模不同
1、铜仁南站
建筑面积：15907平方米（截至2015年6月）。站台规模：2台5线（截至2015年6月）。
2、铜仁站
建筑面积：11961平方米（截至2017年8月）。站台规模：1台4线（截至2017年8月）。
三、主要线路不同
1、铜仁南站
主要线路：沪昆高速铁路。
2、铜仁站
主要线路：渝怀铁路、铜玉城际铁路。
