如何分析GEO数据库中某一疾病的差异基因

1、一、查找数据（以骨肉瘤数据为例）1、打开GEO数据库，如pic1所示，输入osteosarcoma搜索。

2、出现pic2所示对话框，点击“There are4359results for "osteosarcoma" in the GEO DataSets Database”数字处进入。

3、物种选择“Homo sapiens” ,如pic3所示，点击选择。

4、数据选择查看题目及简介，确定是否为所需内容。然后查看“Samples”的数量是否合适（大于20且小于1000为宜），“Type”是否为芯片数据，如pic4。

5、点击进入，查看其中内容,如pic5：①Platforms（平台）是否可用（可用平台为：illuminaHumanv1，illuminaHumanv2，illuminaHumanv3，illuminaHumanv4，hgu133a，hgu133a2，hgu133b，hgu95a,hgu95av2, hgu133plus2,hgu219，hugene10st,InfiniumMethylation）。②查看有无 “Processed data”（必有） 及 “Raw data”（可有可无），③点开“Samples”处确认有对照组，本例中为“Bone”与“Osteosarcoma cell line”为对照，④满足以上条件，记录数据号备用。