主要区别是，品种不同、形态特征不同、生境分布不同，具体如下：
一、品种不同
1、扁竹兰
扁竹兰，别称扁竹根、扁竹。是百合目、鸢尾科、鸢尾属、扁竹兰种植物。
二、形态特征不同
1、扁竹兰
根状茎横走，黄褐色，节明显，节间较长；须根多分枝，黄褐色或浅黄色。地上茎直立。叶10余枚，密集于茎顶，基部鞘状，互相嵌迭，排列成扇状，叶片宽剑形，黄绿色。总状分枝；苞片卵形，其中包含有3-5朵花，花浅蓝色或白色。蒴果椭圆形，表面有网状的脉纹及6条明显的肋，种子黑褐色，无附属物。花期4月，果期5-7月。
2、蝴蝶花
根状茎可分为较粗的直立根状茎和纤细的横走根状茎，直立的根状茎扁圆形，具多数较短的节间，棕褐色；须根生于根状茎的节上，分枝多。叶基生，暗绿色，有光泽。花茎直立，高于叶片，顶生稀疏总状聚伞花序，分枝5-12个；苞片叶状，宽披针形或卵圆形，其中包含有2-4朵花，花淡蓝色或蓝紫色。蒴果椭圆状柱形，无喙，6条纵肋明显；种子黑褐色，为不规则的多面体，无附属物。花期3-4月，果期5-6月。
三、生境分布不同
1、扁竹兰
分布于中国广西、四川、云南。生长于林缘、疏林下、沟谷湿地或山坡草地。 喜阳光充足，也耐阴；对土壤和水分的适应性极强，耐寒。
2、蝴蝶花
在中国分布于江苏、安徽、浙江、福建、湖北、湖南、广东、广西、陕西、甘肃、四川、贵州、云南。生于山坡较阴蔽而湿润的草地、疏林下或林缘草地，云贵高原一带常生于海拔3000-3300米处。喜温暖向阳或略荫处，忌晚霜与冬寒。土壤要求湿润无积水、富含腐殖质的砂壤土或轻黏土。
