1、 癸卯学制包括各级各类学堂章程，还附有学校管理法、教授法等。见癸卯学制系统图所示。整个学制分为初等教育、中等教育和高等教育三段，三段又共分为七级：初等教育有蒙养院( 4年)、初等小学堂( 5年)、高等小学堂( 4年)，中等教育有中学堂( 5年)，高等教育有高等学堂( 3年)、分科大学堂(3-4年)、通儒院( 5年)。与中间三级并列的还有同级实业学堂和师范学堂。
3、 从课程设置看，传统的中国经学教育内容仍占很大比重。读经讲经课，初等小学堂占总课时的40%(还不算每天半小时的温经)，高等小学堂占总课时的三分之一，加上与之密切相关的修身课，仍占40%。小学不设外语，也是要保证学生打下坚实的传统中学根基。中学堂的读经讲经和修身课也占总课时的三分之一。高等学堂政科(即文科)，经学、伦理仍为必修课，艺科(即理科)也设有伦理课。
5、 从学校管理看，保留旧学校每月朔日(初一)的祭孔、宣读《圣谕广训》的典礼，及月课、岁考、以学业成逼钽李沿绩奖惩学生的各项制度。毕业考试由地方官会同学堂监督(校长)和教员主持，各类毕业生分别赋予相应的科举出身，如通儒院毕业生按翰林升阶，大学本科毕业生作为进士出身，高等学堂毕业生作为举人出身，中学毕业生奖以(国子监)拔贡、优贡、岁贡，高小毕业生作为(府、州、县学)生员，即秀才出身。师范学堂和实业学堂比照同级普通学堂给予毕业生科举出身。
